Chùa do Thiền sư Liễu Quán (1667-1742) khai sáng vào đầu thế kỷ XVIII.
Chùa được trùng tu năm 1746 do ngài trụ trì Tế Hiệp – Hải Điện khởi công. Chưởng Thái giám Đoán Tài Hầu pháp danh Tế Ý đứng ra vận động xây dựng ngôi chùa khang trang, cho đúc đại hồng chung nay vẫn còn. Năm 1751.
Các vị trụ trì kế tiếp là Tế Mẫn – Tổ Huấn, Đại Tuệ – Chiếu Nhiên đều có trùng tu ngôi tổ đình. Chùa tiếp tục được trùng tu vào năm 1793 do bà Đốc Hữu phát nguyện và năm 1799 do Hoàng đệ Thái Tể (thuộc triều Tây Sơn) phát nguyện trùng tu tự viện trang nghiêm.
Năm 1803, ngài Đạo Tâm – Trung Hậu trụ trì đã tổ chức trùng kiến. Bà Lê Thị Tạ pháp danh Tiên Quý đã có công quả lớn trong lần trùng tu này. Chùa được làm sườn gỗ lợp ngói, sinh hoạt Phật sự được phục hưng và phát triển.
Chùa được trùng tu thành tòa phạm vũ nguy nga vào các năm 1807-1809 do hai vị công chúa trong triều phát tâm cúng dường và tứ chúng đồng tâm hỗ trợ; trùng tu năm 1886 do Đại sư Hải Nhuận – Phước Thiêm tổ chức và năm 1899 do Đại sư Tâm Thiền tổ chức.
Năm 1940, chùa bị hư hỏng nặng, Hòa thượng Trừng Thủy – Giác Nhiên, vị trụ trì đời thứ 10 đã tổ chức đại trùng tu ngôi chùa.
Sau 60 năm chưa được sửa chữa, chùa bị hư dột nhiều nơi, năm 2000, Hòa thượng Thích Thiện Siêu, trụ trì đời thứ 11 đã cho khởi công đại trùng tu ngôi chùa với kinh phí khoảng 2 tỷ đồng, được khánh thành vào ngày 09-3-2001 (15-2 năm Tân Tỵ)
Những năm tiếp theo, TT. Thích Thanh Đàm, Giám tự chùa đã cho xây dựng them nhiều hạng mục khác như trường lan, tăng xá, giảng đường…nguy nga đến ngày hôm nay.
Sau đây mời quý vị cùng thăm chùa Thiền Tôn qua chùm ảnh mà nhóm CTV trang nhà vừa tác nghiệm vào chiều ngày 30/5/2012
Mở lối vào chùa là rừng thông vi vút thấp thoáng cánh cổng thiền môn
Và ngôi tiền đường rợp bóng bồ đề xanh tươi
Nhìn về mỗi góc chùa mỗi nét đẹp trầm mặc
Ngôi nhà Hậu ẩn mình khiêm tốn dưới rừng cây
Dãy trường lan thoáng dưới trời chiều
Chung, bảng, khánh treo bên hiên chùa cũng toát lên nét đẹp thiền môn
Chánh điện chùa thờ tự trang nghiêm "Tam giới đạo sư"
Hai bên tả hữu thờ bộ tượng thập địa dát vàng
Bàn thờ chư tổ
Tiếu tượng Đức tổ Thiệt Diệu-Liễu Quán sáng lập chùa
Cảnh Hương (năm thứ 8-1747) chuông cổ vẫn còn treo
Một góc liêu được bài trí rất đẹp
Cây cối cheo leo bên vách núi
N.N
