Sau khi được thế độ, ngài ở chùa Giác Hoàng. Sau đó ít lâu, ngài được thọ cụ túc giới, đại giới đàn mở tại Châu Lâm, tỉnh Bình Định và giữ chức giám viện chùa Giác Hoàng.
Năm Tự Đức thứ Tám (1855), ngài cầu pháp với Hòa thượng A-xa-lê Huệ Cảnh (1798-1866) chùa Tường Vân. Ngài được Hòa thượng Huệ Cảnh ban cho bài kệ phú pháp như sau:
Linh Cơ diệu giác tại tâm vương
Thủy Hải Toàn thanh kiến nguyệt chương
Nhất thiết chúng sanh giai Phật tánh
Nhân do bất ngộ lạc biên phương
Dịch:
Thiêng liêng then chốt tại vô tâm
Biển lớn mà trong rõ nguyệt rằm
Hết thảy chúng sanh đều tánh Phật
Chỉ vì chẳng ngộ một bên lầm
Năm Tự Đức thứ 18 (1865), ngài được cử giữ chức Trụ Trì chùa Diệu Đế. Năm Tự Đức thứ 19 (1866), Hòa thượng Tôn Sư Huệ Cảnh thị tịch, ngài được di chúc làm đệ tử thượng thủ, giữ chức am chủ chùa Tường Vân. Sau đó, khi Hòa Thượng Nhất Chơn chùa Từ Quang thị tịch, ngài Nhất Chơn di chúc môn đồ cúng chùa cho ngài Linh Cơ, do đó hai chùa hợp nhất là một. Năm Tự Đức thư 34 (1881), chùa được chỉnh trang lợp ngói, và được gọi là chùa Tường Vân từ đó.
Năm Kiến Phước nguyên niên (1883), ngài được phong làm tăng cang chùa Giác Hoàng.
Năm Hàm Nghi nguyên niên (1885), ngài được mông ân về già.
Năm Thành Thái thứ ba (1891), chùa được trùng tu ngài cho xây cất thêm dãy hậu điện.
Tháng giêng năm Thành Thái thứ 6 (1894), ngài phó pháp cho đệ tử lớn là ngài Thanh Thái tức là Phước Chỉ Đại sư. Ngài ban kệ phú pháp cho ngài Phước Chỉ như sau:
Phước Chỉ định tâm tỉnh an nhiên
Xử thế tùy cơ liễu mục tiền
Đạo niệm tinh tu tình niệm đoạn
Như Kim phó pháp vĩnh lưu truyền
Dịch:
Định tâm Phước Chỉ lặng an nhiên
Ở thế tùy nghi rõ thấy liền
Niệm đạo chuyên tu tình niệm dứt
Như nay vĩnh viễn pháp lưu truyền.
Tháng tư năm Thành Thái thứ 6 (1894), chùa Báo Quốc mở đại giới đàn, cung thỉnh ngài làm giáo thọ.
Ngày mùng một tháng tư năm Thành Thái thứ 8 (1896), ngài bị bệnh. Ngài bèn ban các bài kệ phó chúc cho các đệ tử-xin xem ở sau đây-ngài di chúc chỉ định đệ tử lớn là Phước Chỉ Đại Sư giữ chức Trụ trì chùa Tường Vân.
Lúc bấy gời Tam Cung (các vị Hoàng thái hậu) nghe tin ngài bệnh, liền cử ba vị ngự y tên là Quý, Quán, và Thái cùng tới chùa họp nhau để chẩn bệnh.
Hòa thưởng hỏi
– Bệnh chữa thế nào đây?
Vị ngự y tên là Quý thưa:
– Bệnh tuy nặng, nhưng còn kéo dài cho tới đầu thu đổi thời tiết, lúc đó mới đáng ngại.
Hòa thượng nói:
– Chẳng phải vậy mô. Lão tăng nguyện đi trong tháng ni. Ta biết thời đã tới rồi vậy! Nói rằng đầu thu, thì còn lâu xa quá lắm!
Hòa thượng lại hỏi vị ngự y tên là Thái:
– Ông Thái cũng nói giống như ông Quý nói.
Hòa thượng bảo:
– Chẳng phải vậy mô.
Quả nhiên! Hòa thượng thị tịch ngày 25 tháng Tư năm Thành Thái thứ 8 (1896). Hàm Long Sơn Chí kể lại rằng: Giờ Thìn (từ 7 đến 9 giờ sáng) ngày 25 âm lịch, Hòa thượng bảo người về cung mời bà Đoan phi họ Trương lên, để gởi gắm giúp đỡ việc chùa. Tiếc thay, bà Đoan phi lên chưa kịp thì Hòa thượng đã đã thị tịch vào giờ Thân (từ 3 đến 5 giờ chiều). Vô cùng đau đớn, Đại sư Phước Chỉ bước lên đứng trên giường Thiền, cao thanh gọi lớn:
Ôi đau đớn thay!
Thầy bỏ bọn tôi rồi!
Phật ôi! Tổ ôi!
Hãy tiếp Thầy tôi!
Ngày mùng ba tháng Bảy, nhằm “tiết đầu thu”, môn đồ cùng tứ chúng phụng thỉnh kim quan ngài nhập tháp – Bảo tháp ngài ở bên hữu chùa Tường Vân.
Hòa thượng Linh Cơ thọ 74 tuổi, 55 tuổi hạ lạp. Đệ tử nối pháp có 12 vị. Đệ tử thế độ có 5 vị. Số đệ tử quy y được trao ký hơn 300 người.
Hòa thượng rất kỹ lưỡng và thận trọng trong việc thu nhận lựa chọn đồ đệ. Vì vậy số đệ tử nối pháp của ngài tuy không nhiều, nhưng đều là những bậc thạc đức túc danh thời bấy giờ, như các ngài Thoại Uyển trụ trì chùa Thánh Duyên, ngài Tiên Giảng trụ trì chùa Từ Ân, ngài Tổng Quy trụ trì chùa Hòa Quang, ngài Tâm Chánh trụ trì chùa Kim Tiên. Vị đệ tử thứ 9 của ngài là ngài Diệu Ứng, sung chức Tri sự chùa Tường Vân, tánh tình rất ôn hòa đạm bạc, giúp việc chùa đắc lực, là cánh tay mặt của ngài Tôn Chứng A-xà-lê Phước Chỉ.
N.L.C
