Về cách bố cục của toàn thể ngôi chùa được thấy phân chia như sau đây: Trước hết về phía chánh điện, sau khi qua khỏi minh đường, thì thấy bàn thờ chính; trên đó đức Thích Ca Mâu Ni ở giữa; hai bên là đức Phật A Di Đà và đức Đương Lai Hạ Sanh Di Lặc Tôn Phật. Hình ảnh nầy cũng thường trong đa số những ngôi chùa miền Trung.
Đi sâu vào thì thấy có tượng của Ngài Địa Tạng Vương Bồ Tát, đức Văn Thù Sư Lợi Bồ Tát, Đại Bi Quan Thế Âm Bồ Tát. Những bảo vật và những Pháp bảo cũng được thờ cúng ở chánh điện chùa nầy. Phía trên có bức hoành phi, ghi những chữ Sắc Tứ Tường Vân Tự.
Theo những tài liệu còn lưu lại thì bức hoàng phi nầy là do Đức Quận Công Như Phu Nhân, pháp danh là Thanh Từ bái tiến cho chùa, vào tiết Lập Xuân năm Thành Thái Bính Thân (1896).
Ngoài ra, còn có bốn bức hoành phi khác do những quận công trong triều từng đến cúng bái dâng tặng. Cũng còn nhiều bức tranh lụa do những danh sư từ Trung Hoa sang dâng cúng.
Sau chánh điện là nơi thờ Tổ khai sáng ra ngôi chùa Tường Vân; án giữa thờ ngài Thích Huệ Cảnh và ngài Thích Hải Toàn; án bên trái thờ ngài Thích Tịnh Nhẫn, Thích Viên Quang và Thích Chánh Pháp; án bên phải thờ ngài Thích Thanh Thái; đi sâu vào nữa, phía giữa thờ ngài Thích Tịnh Khiết và Thích Tịnh Hạnh.
Lùi về phía sau là hậu đường của chùa, nơi thờ cúng Thập phương bổn đạo đến ký linh trải qua nhiều đời. Nối tiếp đó, phía góc trái là Khách đường; bên phải là Tăng đường. Giảng đường của chùa xây ở phía trước, nhìn ra về chái hữu của chánh điện.
Căn cứ theo những bia văn còn lưu lại đến ngày nay thì: Trong giai đoạn đầu tiên của chùa Tường Vân thì chỉ là một thảo am; bên trái của chùa là một quả đồi thấp Bên phải chùa, nhìn xa là đàn Nam Giao; phía sau nữa là chùa Từ Hiếu. Ngày trước, chung quanh ngôi chùa nầy không có một cư dân nào đến để sinh sống lập nghiệp; chùa nằm sâu thẳm trong một vùng đồi núi tĩnh mịch; quanh năm ít thấy một bóng người vãn lai.
Những tài liệu lịch sử cho biết: Chùa Tường Vân được khai sáng do công trình kiên trì của hoà thượng Thích Huệ Cảnh, thuộc đời thứ 38 của dòng Lâm Tế, vào khoảng năm 1843 dưới đời vua Thiệu Trị.
Căn cứ theo bài Minh của Tuy Lý Vương ghi chép lại trong Văn Cảnh Tùng Thư có đề cập đến chuyện Tuy Lý Vương tiếp xúc với Thiền Sư Huệ Cảnh, lưu lại nhiều bài thơ xướng họa về tư tưởng Phật Giáo trong thời kỳ nầy.
Hoà Thượng Thích Huệ Cảnh sống và truyền giáo đồng thời với Hoà Thượng Thích Nhất Chân, trụ trì chùa Từ Quang, cũng thuộc dòng Thiền Lâm Tế chánh tông.
Theo tài liệu của Thượng Tọa Thích Mật Thể thì: Hai vị thiền sư nầy nhận thấy ngài Hải Toàn tu hành và bảo trì giới hạnh cực kỳ nghiêm ngặt, cho nên trước khi viên tịch đã thận trọng căn dặn môn đồ của mình cung thỉnh ngài Hải Toàn thừa kế trụ trì, hòng xây dựng được phép tắc tu trì nghiêm ngặt.
Ngài Hải Toàn đã vâng theo, chăm lo hương khói, lễ lượt, đồng thời cũng đã bỏ ra nhiều công sức để quyên góp thập phương trùng tu lại ngôi chùa Tường Vân lại thêm khang trang để tín đồ lễ bái, cúng dường, học đạo. Hồi đó, ngôi thảo am của chùa Tường Vân được sát nhập chung với chùa Từ Quang trong một thời gian, ở vị trí của chùa Tường Vân hiện nay. Hiệu tự Tường Vân cũng được khai sinh trong thời kỳ nầy.
Trước khi ngài Hải Toàn viên tịch, thì truyền lại chức vụ trụ trì lại cho ngài Thanh Thái. Trong thời gian nầy, vì có nhiều thiện duyên nên chùa được trùng tu thêm nhiều. Ngôi tiền đường khang trang. Những bi ký cũng đã được sửa sang và dựng lại để ghi chép đầy đủ những chi tiết chung quanh vấn đề phát triển chùa Tường Vân.
Những vị kế thừa sự nghiệp của ngài Thanh Thái gồm có: Ngài Tịnh Nhân, Ngài Tịnh Hạnh, ngài Tịnh Khiết. Tháng 3 năm 1972, Hoà thượng Tịnh Khiết đã khởi công mở cuộc trùng tu lớn lao thêm chùa Tường Vân, cho nên phạm vi chùa cũng đã được nới rộng ra thêm nhiều. Năm sau (1973) ngài Tịnh Khiết viên tịch, thì ngài Viên Quang kế vị trụ trì chùa Tường Vân.
Tiếp theo là ngài Chánh Pháp. Sau ngài Chánh Pháp viên tịch thì không ai đảm nhiệm chức vụ nầy trong một thời gian; mãi 3 năm sau, Hoà thượng Thích Minh Châu, đệ tử lỗi lạc của Hoà thượng Tịnh Khiết mới chính thức được suy cử làm trụ trì ngôi chùa nầy.
Nhìn chung lại, chùa Tường Vân chưa hẳn là ngôi chùa cổ nhất trong vùng đế kinh, tuy nhiên về lãnh vực xây dựng và truyền bá Phật pháp, thì Tổ đình nầy đã đóng một vai trò quan trọng. Một số môn đồ chùa Tường Vân trong mấy chục năm qua, đã trở thành các nhân vật quan trọng trong hàng giáo phẩm Phật Giáo Việt Nam…
K.T